De præparater, der anvendes til vaccination i dag er gennemtestede over en lang årrække og anvendes over hele verden. Der foreligger derfor solid dokumentation for præparaternes sikkerhed og effekt.
Når det er sagt, så kan alle præparater, også vacciner, give bivirkninger. Langt de fleste børn oplever dog ingen eller kun milde bivirkninger såsom hævelse, ømhed og et blåt mærke på indstiksstedet, som forsvinder efter et par dage. Nogle børn oplever et par dage efter vaccinationen utilpashed, træthed, feber og mindre appetit. Specifikt i forbindelse med MFR-vaccinationen kan nogle børn 1 til 2 uger efter vaccinationen opleve feber og hududslæt. Læs mere her.
I skal, som ved enhver anden vaccination vente 15 minutter i venteværelset efter prikket for at sikre, at der ikke opstår en allergisk reaktion, hvilket kun sker meget sjældent.